Der Verlauf der Mauer lässt sich nur noch topografisch und durch die Benennung von Straßen und Plätzen nachvollziehen. Während Straßen wie die „Oberwallstraße“ oder „Am Festungsgraben“ auf die alte Festung hinweisen, erinnern an die Akzisemauer weniger die Straßen (mal abgesehen von den Straßenverläufen), sondern die Namen der Tore, die in bis heute Stadtplätze benennen.
Interessant ist, dass die Akzisemauer außerhalb von Friedrichshain-Kreuzberg in den meisten Fällen an den heutigen Bezirksgrenzen verlief, beispielsweise am Brandenburger Tor zwischen Mitte und Tiergarten oder an einem Teil der Torstraße zwischen Mitte und Prenzlauer Berg. Nur in Friedrichshain und Kreuzberg lief sie mitten durch die späteren beiden Bezirke. Das liegt daran, dass diese Bezirke erst 1920 entstanden sind, mehr als ein halbes Jahrhundert nach dem Ende der Akzisemauer und nachdem die Stadt über sie hinaus gewachsen war.
In Kreuzberg ist der Verlauf einfach nachzuvollziehen: Von der Oberbaumbrücke, beziehungsweise dem Schlesischen Tor entlang der U-Bahn bis zum Halleschen Tor, dann rechts die Stresemannstraße entlang bis zum Potsdamer Platz. Vier von sechs Toren sind zumindest noch namentlich vorhanden: Schlesisches und Kottbusser Tor, das Wassertor am ehemaligen Luisenstädtischen Kanal, nach dem der Wassertorplatz benannt ist sowie das Hallesche Tor. Namentlich nicht mehr vorhanden sind das Köpenicker Tor am heutigen Lausitzer Platz und das Anhalter Tor am ehemaligen Anhalter Bahnhof.
Es gibt heute noch genau zwei kleine, etwa 20 m lange Reste dieser Mauer an der Stresemannstraße in Kreuzberg und an der Charité, dort sehr unscheinbar in einem kurzen Abschnitt der Hannoverischen Straße in eine Hauswand integriert.